São João das Missões fica a uma distância de 663 Km de Belo Horizonte (capital) e a 247 Km de Montes Claros, cidade pólo do norte de Minas, sendo o acesso realizado através da BR-135. Posiciona-se a 18 Km do rio São Francisco e é marcado pelo Rio Itacarambi que banha quase todo o território do Município.
A divisão administrativa do município constitui-se da Sede, do Distrito de Rancharia, 12 povoados e 31 aldeias na Terra Indígena Xacriabá. O Município ocupa uma área territorial de 679,89 Km², sendo que a reserva Indígena Xacriabá ocupa uma área de 530,74 Km², o que corresponde a 78,07% da superfície total da municipalidade. Situa-se na micro-região do Vale do Peruaçu (Alto Médio São Francisco), norte do Estado de Minas Gerais. Limita-se com o município de Miravânia, Manga e de Itacarambi.
Domingos Nunes de Oliveira - Cacique Geral da Nação Xacriabá,
maior grupo biológico do Estado de Minas Gerais e um dos maiores do Brasil.